#!/bin/bash -e

function info() {
echo Usage: `basename $0` '[-l in.bed] in.vcf'
exit 65
}

while getopts ":p:l:mgh" opts
do
case $opts in
	m) somatic=T;;
	g) single_cell=T;;
	l) interval=$OPTARG;;
	p) out_prefix=$OPTARG;;
	\?) info;;
esac
done
shift $(($OPTIND - 1))

test $# -lt 1 && info


. /mnt/ilustre/app/medical/tools/.var

tmp_dir=`mktemp -d fmtaf.XXXX`

format_af.sh -p$tmp_dir/$out_prefix $1
anno_info_vcf.pl $1 $tmp_dir/$out_prefix.af.txt > $out_prefix.af.vcf


echo;echo;echo snpsift annotate dbsnp id
java $j_mem -jar $snpsift \
annotate \
-id $data_path/ncbi/dbsnp/All_20150605.vcf.gz \
$out_prefix.af.vcf \
> $out_prefix.dbsnp.vcf


# if test ! -s $out_prefix.dbsnp.vcf; then ln -fs $out_prefix.af.vcf $out_prefix.dbsnp.vcf; fi # better no to use soft link, it may cause a circle.

if test ! -s $out_prefix.dbsnp.vcf; then cp $out_prefix.af.vcf $out_prefix.dbsnp.vcf; fi

echo;echo;echo snpsift annotate clinvar id
java $j_mem -jar $snpsift \
annotate \
-id ${data_path}/ncbi/clinvar/clinvar_20150106.vcf \
$out_prefix.dbsnp.vcf \
> $out_prefix.dbsnp.clinvar.vcf

if test ! -s $out_prefix.dbsnp.clinvar.vcf; then cp $out_prefix.dbsnp.vcf $out_prefix.dbsnp.clinvar.vcf; fi


echo;echo;echo snpsift annotate cosmic
java $j_mem -jar $snpsift \
annotate \
${data_path}/cosmic/CosmicCodingMuts.vcf \
$out_prefix.dbsnp.clinvar.vcf \
> $out_prefix.id.cosmic.vcf

if test ! -s $out_prefix.id.cosmic.vcf; then cp $out_prefix.dbsnp.clinvar.vcf $out_prefix.id.cosmic.vcf; fi


# echo;echo;echo gatk VariantAnnotator
# java $j_mem -jar $gatk \
	# -R $ref_genome \
	# -T VariantAnnotator \
	# --variant $out_prefix.id.cosmic.vcf \
	# -o $out_prefix.cosmic.var_type.vcf \
	# -A VariantType \
	# -nt 4 \
	# -L $interval


# echo;echo;echo snpsift annotate gwasCat
# java $j_mem -jar $snpsift \
# gwasCat \
# -db ${data_path}/snpeff/gwascatalog.txt \
# $out_prefix.cosmic.var_type.vcf \
# > $out_prefix.var_type.gwas.vcf

# if test ! -s $out_prefix.var_type.gwas.vcf; then cp $out_prefix.cosmic.var_type.vcf $out_prefix.var_type.gwas.vcf; fi


echo;echo;echo snpsift annotate gwasCat
java $j_mem -jar $snpsift \
gwasCat \
-db ${data_path}/snpeff/gwascatalog.txt \
$out_prefix.id.cosmic.vcf \
> $out_prefix.cosmic.gwas.vcf


echo;echo;echo snpeff ann snpeff2gatk
java $j_mem -jar $snpeff \
	-c ${snpeff_path}/snpEff.config \
	-v \
	-lof \
	-noStats \
	$snpeff_db_version \
	$out_prefix.cosmic.gwas.vcf \
	> $out_prefix.gwas.snpeff2gatk.vcf


ln -fs $out_prefix.gwas.snpeff2gatk.vcf $out_prefix.anno.common.vcf

. $cmd_done